15 milyon kimyasal yapıyı içeren veritabanı serbest erişime açıldı

SureChem olarak bilinen, patent kaynaklı 15 milyondan fazla kimyasal yapıyı içeren koleksiyon Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EBI) tarafından serbest erişime açıldı. Macmillan Bilim ve Eğitim alt kurumu olan Digital Science, EMBL-EBI kurumuna koleksiyonu verdi.

Digital Science’den bir yetkili, “ilaç keşfi (drug discovery) için kullanılan küçük molekül kimyası açısından oldukça kuvvetli, patent kaynaklı ve çoğunlukla organik kimya veritabanı ile karşı karşıyasınız” şeklinde görüş bildirdi. “Bu koleksiyonun ilk faydası insanlarda hastalıkları tedavi etmeye çalışan araştırmacılara olacak”.

SureChem, patentlerin tam metninden ve görüntülerinden kimyasal yapıları çekip alıyor. Daha önce ticari sistemlerde yürütülmüş ve pek çok araştırmacının erişemediği bir yapıdan tamamen serbest ve tam anlamıyla patent kimyasal veritabanı olan ilk örnek piyasaya çıkmış oldu. Molekül verisi sunan, EMBL-EBI kurumunda bulunan diğer yaşam bilimleri veritabanları ile ortaklaşa çalışacağı bildirildi.

Yetkili Goncharoff, şöyle dedi: “Bazı yeni kimyasal arayışlar içindeyseniz patentlere bakabilir, indirebilir ve ilgili kimyasal maddeleri inceleyebilirsiniz, geri dönüp EMBL’ye karşı arama yapabilir ve ilgili verileri indirebilirsiniz”

SureChem, ilk hedefi ilaç firmaları tarafından üretilen patent belgelerinden büyük miktarda patent kimyası bilgilerini karşılamak için kurulmuştu. Macmillan, 2009 yılında bu iş kolunu kendi bünyesine kattı.

Goncharoff, şöyle diyor: “Macmillan’ın şu anda iş dünyasına özgü ürünleri de var, ancak bunlar oldukça olgunlaşmış ve SureChem ise henüz emekleme devresinde”. “İlaç firmaları için bütçe sağlamak giderek zorlaşıyor” diyen Goncharoff, SureChem’in alt departmanlara ayrılma zorunluluğu durumunda milyonlarca dolar maliyet gerekeceğini söylüyor. Veritabanı için çeşitli teklifleri değerlendirdiklerini söyleyen Goncharoff, altta yatan fikir hakkının kendilerinde kalmasını tercih ettiklerini ve veriye erişimin kendileri tarafından yapılmasını uygun bulduklarını anlattı. Goncharoff, SureChem veritabanı için en iyi adresin, bütün kriterleri sağlayan EBI olmasına karar verdiklerini belirtti.

Kraliyet Kimya Cemiyeti’nde kemiinformatik (kimya bilgisi) grubu başkanı olan Antony Williams, konu hakkında şöyle görüş bildirdi: “Sanırım veri ve platform, gerçekten kemiinformatikten anlayan ve veri entegrasyonunun ne kadar değerli birşey oludğunu bilen insanların erişimine sunuluyor”. Williams, şöyle devam etti: “Patent ve kimyasal yapılarla iş gören ticari yapılanmaların bir kısmı için bu durum son derece rahatsızlık verici”.

Williams’a göre veri hızla sunulursa ilaç şirketlerinin veriyi elde tutma olasılığı güçleniyor. Ancak Open PHACTS projesi ve PharmaSea projesi gibi projelere de çok faydalı olacak. 2011’de IBM şirketi patent literatüründen ve biyomedikal dergilerden alınmış 2,4 milyondan fazla kimyasal yapıyı PubChem’e verdi. SureChemBL 15 milyon adet veri barındıracak.

EBI’nın temel amacı hayat bilimi uzmanlarına hizmet vermek. Williams’a göre bu topluluğun ilgisini çekecek çok sayıda organik molekül bu depoda bulunuyor. Bu alana kimin gireceği, veriyi kullanacağı ve doğrudan kimyayı destekleyeceği merak ediliyor, bu alanda epey yol almış CAS (Kimya Özetleri Sistemi, www.cas.org) gibi büyük oluşumlara alternatif olup olamayacağı düşünülüyor. Genel çevreler için daha çok kimyasal bilginin elde edilmesi yönünde bu çabaların artırılması için bir yol aranıyor. RSC’nin e-bilim çalışmaları, ChemSpider uygulaması dahil , bütün kimyasal bilgiyi paylaşmak üzerine kurulu.

 

Kaynak: http://www.rsc.org/chemistryworld/2013/12/database-surechem-15-million-chemical-structures-set-free

Kategoriler

+ Yorum bulunmuyor

Yorum yap